企业内部拥有持证残疾人，抵扣残保金一般按以下步骤进行：

1. 确保符合认定条件：用人单位将持有《中华人民共和国残疾人证》或《中华人民共和国残疾军人证》（1-8 级）的残疾人录用为在编人员或依法与就业年龄段内的残疾人签订 1 年以上（含 1 年）劳动合同（聘用合同、服务协议），且实际支付的工资不低于当地最低工资标准，并足额足项缴纳社会保险费的，方可计入用人单位所安排的残疾人就业人数。

2. 进行申报认定：用人单位可采取线上、线下两种方式参加残疾人按比例就业申报认定。线上一般是登录当地政务服务网，通过 “全国残疾人按比例就业情况联网认证系统” 进行自助申报；线下则需根据当地残联要求，携带相关材料到指定地点办理申报手续。所需材料通常包括残疾职工的残疾人证、劳动合同、工资发放流水单、社会保险缴费证明等。

3. 审核确认：残联部门会对用人单位提交的申报材料进行审核，认定上年用人单位实际安置的残疾人就业人数，并出具《按比例安排残疾人就业审核认定书》。

4. 申报缴纳残保金：用人单位在规定时间内，向主管税务机关申报缴纳残保金。在申报时，应提供上年用人单位在职职工人数、在职职工年平均工资和已安排的残疾就业人数等信息，税务机关根据 “全国残疾人按比例就业情况联网认证” 系统审核结果，计算企业应缴纳的残保金金额，完成抵扣。

残保金年缴纳额计算公式为：残保金年缴纳额 =（上年用人单位在职职工人数 × 当地规定比例 - 上年用人单位实际安排的残疾人就业人数）× 上年用人单位在职职工年平均工资。

需注意，不同地区的残保金政策和申报流程可能存在差异，企业应密切关注当地残联和税务部门的相关通知和要求，及时准确地办理申报抵扣手续。